Revolutionen und Gegenrevolutionen – 30-jähriger Krieg
Im Heiligen Römischen Reich insgesamt gewann die Reformation rasch an Boden. Kaiser Karl V. hatte die Reformation aus religiösen und politischen Gründen bekämpft – die Wahrung bzw. Wiederherstellung der Einheit der Christenheit in einem christlichen „Universalreich“ unter der Führung des Kaisers stand im Mittelpunkt seiner Herrschaftsidee. Karls Kampf um die religiöse Einheit führte im Inneren zu einem Religionskrieg, der sich bald mit den Kriegen gegen Frankreich und gegen das Osmanische Reich verknüpfte. Der Augsburger Religionsfrieden von 1555, der von dem auf Ausgleich bedachten Ferdinand gegen den Widerstand Karls V. vermittelt worden war, brachte eine Atempause im Religionskonflikt.
Im Reich wie auch in seinen eigenen Landen hielt Ferdinand I. die Bestimmungen des Augsburger Religionsfriedens ein, desgleichen sein ältester Sohn und Nachfolger im Reich – in Österreich, Böhmen und Ungarn – Kaiser Maximilian II., der dem Protestantismus zeitweise durchaus positiv gegenüberstand, sowie dessen Brüder Erzherzog Ferdinand, der nach dem Tod Ferdinands I. Tirol und die Vorlande, und Erzherzog Karl, der Innerösterreich erhalten hatte. Erst Maximilians Sohn und Nachfolger, Kaiser Rudolf II., leitete in den 1570er Jahren in seinen Ländern gegenreformatorische Maßnahmen ein und provozierte damit mehrere Aufstände: 1609 musste er den böhmischen Ständen im Majestätsbrief die Religions- und Gewissensfreiheit garantieren. Energischer als Rudolf trieb sein Vetter Ferdinand, der spätere Kaiser Ferdinand II., in seinem Erbland Innerösterreich seit dem späten 16. Jahrhundert die Gegenreformation voran und beendete die Phase der Zugeständnisse an die protestantischen Stände als Gegenleistung für deren Unterstützung in den „Türkenkriegen“.
In Böhmen provozierte Ferdinand II. (seit 1617 König von Böhmen) mit seinen rigorosen „Rekatholisierungsmaßnahmen“ 1618 den sogenannten (zweiten) „Prager Fenstersturz“, der den Auftakt zum Böhmischen Aufstand gegen die habsburgische Herrschaft bildete, der Böhmische Aufstand wiederum leitete in den Dreißigjährigen Krieg über. Die kaiserlichen Truppen schlugen den Böhmischen Aufstand – der auch auf die österreichischen Lande übergegriffen hatte – nach anfänglichen Misserfolgen, schließlich blutig nieder. Ferdinand II. ließ zahlreiche Anführer des Aufstandes hinrichten, etwa ein Viertel des böhmischen Adels vertreiben und durch Kaisertreue ersetzen. Und er schaffte das böhmische Wahlkönigtum ab. Durch die „Verneuerte Landordnung” von 1627 entmachtete Ferdinand II. schließlich die böhmischen Stände und band Böhmen in die österreichischen Erblande ein.
Bis zum Eingreifen Schwedens und Frankreichs in den Dreißigjährigen Krieg (1630/35) behaupteten die Habsburger nicht nur in ihren Erblanden, sondern auch im Reich ihre Machtposition; dann allerdings wendete sich im Reich das Blatt entscheidend zuungunsten des Kaisers. Durch den Westfälischen Frieden, der 1648 den Dreißigjährigen Krieg beendete, verlor das Kaisertum entscheidend an Autorität im Reich; alle Versuche Ferdinands III. und seiner Nachfolger, ihr Kaisertum im Reich wieder machtvoll zur Geltung zu bringen, scheiterten, so dass sich die österreichischen Habsburger fortan auf ihre Hausmacht- und Dynastiepolitik konzentrierten. In ihren eigenen, den österreichischen und den böhmischen Ländern etablierten die Habsburger eine absolutistische Herrschaftsform, der Adel der einzelnen Länder wandelte sich – bzw. wurde gewaltsam durch Vertreibung und Neueinsetzung, ähnlich wie in Böhmen, umgewandelt – in eine länderübergreifende aristokratische Schicht, die wesentlich zum Zusammenhalt der Länder und zur Durchsetzung der habsburgischen Herrschaft beitrug. Der Protestantismus war in den habsburgischen Ländern dem Katholizismus unterlegen.