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Irgendwann im 25. Jahrhundert: Eine folgenschwere Seuche die Menschheit fast vollständig ausgelöscht. Die Wenigen, die überlebt haben, schützen sich in der Stadt Bregna, die von sehr hohen Mauern umgeben ist, gegen die feindliche und triste Außenwelt. Labgsam aber doch bilden sich Widerstandsgruppen, welche sich gegen das totalitäre System auflehnen. Sie heuern die Auftragsmörderin Æon Flux an. Sie soll den Präsidenten töten. Doch mit der Zeit dringt Æon Flux in ein Netz von Geheimnissen und Intrigen ein und entscheidet aufgrund dessen, ihr Opfer nicht zu ermorden, sondern zu beschützen ...