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Auf dem Planeten Nibiru droht ein Vulkanausbruch die dort lebenden Menschen zu töten. Die Crew der Enterprise soll das verhindern, als jedoch Spock in Lebensgefahr gerät, rettet ihn Kirk mit dem Raumschiff. Natürlich wird die Enterprise dabei von den Eingeborenen gesehen, was eigentlich nicht hätte passieren dürfen, denn die Menschen auf Nibiru sind noch nicht technisch hoch entwickelt und dadurch könnte deren Fortschritt verändert werden.

Obwohl Kirk alles daran setzt, den Vorfall zu vertuschen, kann Spock seinen Mund nicht halten und plaudert die Sache aus – denn er muss als Halb-Vulkanier immer die Wahrheit sagen. Infolgedessen wird Kirk das Kommando über die Enterprise entzogen ...

Kurze Zeit später wird ein geheimes Labor in die Luft gejagt. Die Sternenflotte setzt deshalb eine Krisenkonferenz an, an der auch Kirk und Spock teilnehmen. Der Oberbefehlshaber der Sternenflotte ist sich sicher, dass John Harrison, ein ehemaliger Agent, hinter dem Anschlag steckt. Jetzt soll der Bösewicht geschnappt werden, doch der hat die Konferenz vorhergesehen und greift das Hauptquartier der Sternenflotte an – dabei werden zahlreiche hochrangige Offiziere und Agenten getötet.

Harrison ist danach auf den Planeten Kronos, den Heimatplaneten der Klingonen, geflohen. Krik erhält das Kommando über die Enterprise zurück und soll bis zum Rand der „neutralen Zone“ reisen und von dort aus Harrisons Versteck mit neuartigen Torpedos beschießen. Durch technische Probleme wird die Crew aber zur Landung auf dem fremden Planeten gezwungen. Harrison lässt sich widerstandslos festnehmen, als er die Anzahl der Torpedos erfährt.

Harrison hält sich über den wahren Inhalt der Torpedos bedeckt, doch noch vor dem Abflug hat sich die Tochter des Admirals, Carol Wallace, an Bord geschlichen, um die Torpedos zu überprüfen. Jetzt hat sie endlich Gelegenheit dazu und darin macht sie eine erstaunliche Entdeckung: Schlafende Menschen ... Diese waren einmal Soldaten, die jetzt genetisch verbessert wurden. Sie sollen Admiral Marcus bei seinen finsteren Plänen unterstützen, was Kirk natürlich nicht zulassen kann, wobei sich er und seine Crew in Lebensgefahr begeben ...